Kemitraan dengan stakeholder merupakan syarat kunci untuk membangun keunggulan kompetitif organisasi. Saat ini Fakultas Ekonomi UNJ telah menjalin kerja sama dengan beberapa mitra internasional, yaitu National Council on Economic Education (NCEE), Amerika Serikat, Berufakademie Ravensburg Jerman, Universiti Pendidikan Sultan Idris (UPSI) Malaysia, dan Tanta University Mesir.

Kemitraan dengan NCEE, lembaga yang bergerak di bidang pendidikan ekonomi, berbentuk pengiriman dosen mengikuti pelatihan Training of Trainers (TOT) di bidang pendidikan ekonomi, pelatihan penulisan bahan ajar (Training of Writers) yang dilaksanakan di beberapa negara Eropa Timur dan ex - Uni Sovyet, dan berpartisipasi dalam kegiatan konferensi tahunan (Annual Conference) di Amerika Serikat. Saat ini dosen yang telah mengikuti Training of Trainers sebanyak 5 orang, Training of Writers sebanyak 2 orang, dan Annual Conference sebanyak 2 orang. Program ini akan terus dilakukan secara berkelanjutan.

Kerja sama ini, di samping memperluas wawasan serta meningkatkan kemampuan dosen yang mengikuti kegiatan tersebut, juga meningkatkan reputasi Fakultas Ekonomi di sekolah-sekolah menengah karena salah satu kewajiban peserta pelatihan adalah melakukan transfer knowledge kepada guru-guru sekolah menengah.

Kemitraan dengan NCEE diperkuat dengan didirikannya Indonesian Council on Economic Education (ICEE) di Universitas Negeri Jakarta pada tahun 2003. ICEE mengemban misi meningkatkan economics dan financial literacy bagi masyarakat Indonesia melalui perbaikan pembelajaran ekonomi di sekolah. Di bawah koordinasi ICEE, beberapa universitas ex-LPTK telah bergabung dalam networking ini.

Kemitraan dengan Berufsakademie Ravensburg dalam bentuk pengiriman dosen FE untuk menjadi pengajar tamu di Jerman dan sebaliknya merupakan suatu terobosan yang akan meningkatkan daya saing internasional dosen dan lembaga. Kemitraan yang sama juga dijalin dengan Universiti Sultan Pendidikan Idris (UPSI), Malaysia, dan Tanta University Mesir.

Di samping kemitraan dengan mitra luar negeri, kemitraan dengan mitra dalam negeri juga telah dikembangkan. Dua pihak yang menjadi sasaran utama adalah sekolah menengah dan kalangan dunia usaha.

Untuk sekolah menengah, kemitraan yang terjalin selama ini adalah pengiriman mahasiswa untuk melakukan Praktik Pengajaran Lapangan (PPL) di sekolah menengah. Bentuk kemitraan ini berlanjut ke dalam bentuk kerja sama yang lain, yaitu dalam hal perekrutan mahasiswa/alumnus menjadi guru di sekolah-sekolah tersebut. Bentuk kemitraan lainnya adalah pengiriman guru-guru sekolah menengah untuk melanjutkan pendidikan di Fakultas Ekonomi UNJ. Kemitraan yang terjalin dengan kalangan dunia usaha adalah dalam hal penjaringan informasi mengenai kompetensi lulusan yang dibutuhkan oleh dunia usaha terhadap alumnus. Sejak tahun 2005, Fakultas Ekonomi UNJ telah  menyelenggarakan kegiatan diskusi dengan 12 perwakilan dari berbagai sektor usaha untuk menyempurnakan rumusan kompetensi lulusan. Forum diskusi semacam ini akan menjadi agenda rutin sebagai upaya fakultas mengembangkan kurikulum berdasarkan kebutuhan stakeholders.

Kemitraan dengan sekolah menengah memiliki kontribusi yang sangat signifikan dalam hal penyerapan lulusan dan dalam meningkatkan kualitas mahasiswa, terutama pada aspek kemampuan mengajar di kelas. Kemitraan dengan kalangan dunia usaha memiliki kontribusi yang signifikan dalam hal penyempurnaan kurikulum dan peningkatan kualitas mahasiswa/lulusan yang akan berujung pada semakin tingginya daya saing lulusan.

Untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas kemitraan strategis dengan pihak industri dan instansi pemerintah sekaligus sebagai upaya diversifikasi sumber pembiayaan, Fakultas Ekonomi mendirikan unit ventura Program Pengembangan Manajemen dan Bisnis (PPMB). Ventura ini berfungsi sebagai unit yang mengembangkan layanan akademik bagi masyarakat berupa short-course trainings, executive development program, research, konsultansi, dan pengembangan Usaha Mikro, Kecil dan Menengah.